無償のMIDI入力に特化したソフトがありました。名前は「Domino」。
domino_1オーディオデータは扱えませんし、音源も別途用意しなければなりませんが、その分、MIDIの入力には「欲しいなぁ」と思う機能が用意されています。
例えばギターのストローク演奏の入力。譜面などでは6本の弦が同時に鳴るように書かれますが、実際の演奏を再現しようとすると、 6弦から1弦へ、または1弦から6弦へ徐々に鳴る順番を微妙にずらさないといけません。それを自動で出来る機能がDominoには備わっています。加えてスライスと言う機能があるので、6つの音を全音符で入力しておき、ストロークのタイミングで細かくデーターを切断することで入力の手間を軽減する事が出来ます。
また、ギターや管楽器などは音程をずらす演奏が特徴的な奏法として要になりますが(ギターのチョーキングなど)、これをMIDIではピッチベンドというデータで表現します。このずれぐあいの変化を示すカーブを自動的に入力してくれる機能があるので、これまたデーター入力の手間を軽減出来ます。
残念ながらWindows版しかありませんが、効率よく入力するツールとして使い、MIDIデータとして出力してSTUDIO ONEに読み込ませてまとめ作業を行うなんて事も検討の価値ありですね。

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